Mycobacterium tuberculosis Des séquences du génome entier du sud de l’Inde suggèrent de nouveaux mécanismes de résistance et la nécessité de diagnostics par région

Mycobacterium tuberculosis Des séquences du génome entier du sud de l’Inde suggèrent de nouveaux mécanismes de résistance et la nécessité de diagnostics par région

L’Inde est le foyer de% de tous les cas de tuberculose et le deuxième plus grand nombre de cas multirésistants dans le monde Cependant, on en sait peu sur la diversité génétique et les déterminants de résistance de Mycobacterium tuberculosis indien, en particulier pour les lignées primaires en Inde. En utilisant la génomique comparative, nous avons examiné la diversité génétique, les modes de transmission, et l’évolution de la résistance. RésultatsLes analyses génomiques ont révélé la prévalence de souches provenant de lignées et la transmission récente de souches parmi les souches de tuberculose. patients issus des mêmes centres de traitement, émergence de pharmacorésistance chez les patients au fil du temps, résistance acquise dans un ordre typique de souches de lignées et de régions géographiques différentes, sous-performance des mutations conférant de la résistance pour expliquer la résistance phénotypique des souches indiennes par rapport à des études centrées sur d’autres géographies, et la possibilité d’une résistance par des mutations non impliquées auparavant dans la résistance, ou par des infections à multiples souches confondant la prédiction génotypique des résonances de résistance et l’extension substantielle des perspectives génomiques des lignées et séquençage et analyse des génomes entiers du M tuberculosis en Inde du Sud soulignent les défis du contrôle des infections et du diagnostic rapide de la tuberculose résistante en utilisant les technologies actuelles Des études supplémentaires sont nécessaires pour explorer pleinement le complément des déterminants de la diversité et de la résistance au sein des populations endémiques.

Lignée indo-océanique, lignée EAI, lignée CAS, Inde, résistance aux médicamentsInde a le plus grand nombre de tuberculeux dans le monde, représentant plus de% des cas Les formes pharmacorésistantes de Mycobacterium tuberculosis, agent causal de la tuberculose, se répandent rapidement en Inde En Inde, le nombre de cas de TB-MR multirésistante aux antibiotiques [2] est le plus élevé, résistant à la fois à l’isoniazide et à la rifampicine. Malgré la présence de plus d’un million de cas de tuberculose en Inde, on en sait peu sur la diversité génétique. Les déterminants de la pharmacorésistance indienne M tuberculosis L’Inde se distingue par ses lignées principalement indochi- niques ou EAI et sa lignée d’Asie centrale ou de SAE , qui se rencontrent à une fréquence sensiblement plus faible ailleurs. Lineages East Asian ou Beijing et Euro- Les Américains sont les plus répandus en Europe, en Afrique et dans de nombreuses autres parties du monde En Inde, la lignée prédomine dans le Nord et le Nord-Ouest , tandis que la lignée est fréquente dans le Sud, mais se trouve à basse fréquence dans d’autres parties du pays [, -] En revanche, la prévalence de la lignée a été similaire dans toute l’Inde%, bien qu’elle prédomine dans certains états du Nord-Est. tuberculose M résistante représente une menace en raison des faibles taux de guérison En Inde, le taux de tuberculose multirésistante est de -% parmi les nouveaux cas et -% parmi les réinfections similaire aux moyennes mondiales de% et%, respectivement tuberculose XDR , définie comme MDR-TB avec une résistance supplémentaire à toute fluoroquinolone et au moins des médicaments injectables de deuxième ligne Les taux de résistance à l’isoniazide sont beaucoup plus élevés -% parmi les nouveaux et -% parmi les réinfections et conduire à des résultats de traitement médiocres lorsqu’ils sont associés à la résistance à d’autres médicaments de première intention Ainsi, la compréhension de l’évolution et des déterminants de la résistance aux médicaments est essentielle pour guider le développement de diagnostics précis et opportuns. Les udies nous ont rapprochés de l’objectif de définir le catalogue complet de pharmacorésistance dans M tuberculosis Bien que des rapports récents suggèrent que les ensembles de mutations actuelles peuvent expliquer la majorité de la résistance phénotypique dans d’autres parties du monde Des travaux antérieurs ont montré que les souches de M tuberculosis indiennes contiennent des mutations uniques de résistance aux médicaments , et que les profils de résistance aux médicaments peuvent varier selon les pays. Par exemple, les souches lignées sont plus fréquemment MDR que lignées ou souches [, -], et les lignées de lignées ont été rapportées comme plus résistantes que les lignées lignées [,,] Dans cette étude, nous avons séquencé des souches choisies au hasard dans les districts de Tiruvallur et Madurai en Inde du Sud Grâce à cet effort, nous avons considérablement élargi la diversité échantillonnée des lignées et Nous avons également examiné les contributions de la transmission par rapport à l’acquisition de novo des mutations de résistance, ainsi que l’ordre dans lequel les mutations de résistance aux médicaments ont été acquises. Enfin, nous avons examiné la capacité des ensembles de mutations pour prédire la résistance aux médicaments phénotypiques et les cas identifiés de résistance aux médicaments inexpliquée

Méthodes

Les souches M et tuberculosis ont été isolées pour le séquençage de patients uniques à Madurai et de souches uniques à Tiruvallur. L’échantillon comprenait des données sur les mâles et les femelles avec un âge médian ± ans. Pour chaque souche, résistance à l’isoniazide, éthambutol, rifampicine et streptomycine a été déterminée Les données de séquençage ont été soumises à l’archive de lecture de séquence sous BioProject PRJNA Voir les méthodes détaillées

RÉSULTATS

Afin d’examiner les caractéristiques génétiques des souches M tuberculosis du sud de l’Inde, nous avons généré des séquences du génome entier de haute qualité pour les isolats. Tableau supplémentaire Dans notre ensemble de données, la résistance aux médicaments phénotypiques, y compris la TB-MR, n’était pas significativement associée à la rechute, au sexe, au tabagisme ou à la consommation. Test exact de Fisher, P & gt; , même après avoir corrigé la surreprésentation d’isolats apparentés du même patient. Voir Méthodes Le statut VIH n’était connu que pour les souches de Madurai, toutes séropositives au VIH et dont seules étaient résistantes aux médicaments Tableau S Nous n’avons pas détecté d’association significative entre souches d’hôtes séropositifs pour le VIH et la résistance aux MDR ou aux médicaments malgré la petite taille de l’échantillon

Tableau Récapitulatif des informations sur les souches pour l’ensemble des souches, après élimination des souches très similaires trouvées chez un même patientA Distribution de souches avec phénotypes résistants et sensibles pour chacun des quatre médicaments testés Nb. De souches résistantes Nb. De souches sensibles Isoniazide%% Ethambutol% % Rifampicine%% Streptomycine%% Médicament Nbre de souches résistantes Nbre de souches sensibles Isoniazide%% Ethambutol%% Rifampicine%% Streptomycine%% aPour la streptomycine, une autre souche n’avait pas d’information DST pour ce médicamentb des souches avait des informations DST et sont inclus dans ce tableau Les souches restantes n’avaient pas de métadonnées associées

B Distribution des souches à travers les lignées Lineage Nombre de souches LIN- EAI% LIN- Beijing% LIN- CAS% LIN- Euro-Américaine% Lineage Nombre de souches LIN- EAI% LIN- Beijing% LIN- CAS% LIN- Euro-Américain % Voir grand

Les souches nouvellement séquencées élargissent la vision de la diversité génétique dans la lignée

Voir les méthodes pour déterminer les lignées et les spoligotypes. Figures supplémentaires – Les lignées de lignées dominées parmi les isolats nouvellement séquencés. Tableau représentant le pourcentage de souches après correction de la surreprésentation des isolats apparentés de même patient. Afin de placer nos souches dans un contexte global, nous avons construit une phylogénie combinant des données génomiques de souches nouvellement séquencées avec un ensemble de séquences précédemment publiées d’isolats de M tuberculosis globalement divers . Figure Bien que la lignée et les isolats de l’étude publiée de Comas aient été phylogénétiquement mélangés avec des souches nouvellement séquencées, la distance moyenne entre une nouvelle souche et son parent le plus proche de l’ensemble de Comas était des polymorphismes mononucléotidiques SNP: -, représentant une divergence moyenne de & gt; En revanche, nous avons observé des grappes profondément ramifiées composées uniquement de souches indiennes, avec de nombreuses souches ayant peu ou pas de différences SNP moyennes SNP, SNP de gamme, et représentant une divergence moyenne des années avec des temps allant de à, années Basé sur le nombre de SNP uniques, les nouvelles données génomiques de la lignée et des isolats ont plus ou moins doublé la diversité génétique connue dans ces lignées.

Figure Vue largeTaille de téléchargementPhylogeny de toutes les nouvelles souches séquencées, avec des souches précédemment publiées de Comas et al Branches sont colorées selon la lignée, et les tiques extérieures sont colorées selon l’ensemble de données d’origine et la localisation géographique Pour chaque souche, nous avons effectué Le génome de référence de tuberculose de M tuberculosis voit des méthodes détaillées et a identifié un total de locus de SNP variables qui ont été utilisés pour construire cette phylogénie. La phylogénie de toutes les nouvelles souches séquencées, ainsi que les souches précédemment publiées de Comas et al Branches sont colorées selon la lignée et les tiques sont colorées selon l’ensemble de données d’origine et la localisation géographique Pour chaque souche, nous avons effectué une détection des variants par rapport au génome de référence M tuberculosis HRv voir Méthodes détaillées et identifié un total de locus SNP variables qui ont été utilisés pour construire cette phylogénie

Transmission récente de souches localisées localement

En plus de révéler des relations étroites entre les isolats de cette étude, la phylogénie a indiqué que la transmission récente des souches se produisait chez les patients des mêmes régions et non différentes. Pour examiner cela plus systématiquement, nous avons regroupé toutes les souches de cette étude en groupes clonaux. ≤ Différences SNP voir Méthodes, un seuil précédemment utilisé pour définir la transmission récente Six des groupes clonaux D, D, D, D, et M contenaient des souches de plus de patient Figure; Au lieu de cela, les souches de chacun de ces clones provenaient de patients rapportant au même centre de traitement, indiquant une transmission récente très localisée. Dans tous les cas, les patients ayant le même clone étaient infectés par un Dans le clone exceptionnel, M Figure, nous avons observé qu’une souche monorésistante d’isoniazide provenant du patient appartenait au même clone que trois souches résistantes à l’isoniazide et à la rifampicine isolées du patient plus de quelques mois plus tard, indiquant qu’une souche de ce groupe clonal avait probablement acquis la rifampicine. résistance pendant cette période de temps; cependant, la résistance pourrait survenir plus tôt chez un patient ou chez un individu non échantillonné

Tableau Tableau récapitulatif des groupes clonaux de souches survenant chez de multiples patients Phénotypea Genotypeb Notes Groupe clonal Centre de traitement Identification du patient ID de la souche Date INH EMB RIF STR INH EMB RIF STR D P M // R S S S S S S Modification phénotypique DR seulement M // S S S S S S S S D P S S S S S S S S M S S S S S S S S D P M S S S S S S S // S S S S S S S S D P M S S S S S S S S M S S S S S S S D P M S S S S S S S M S S S S S S S M M M M M M M S M R S S R S S S Evolution génotypique, rpoB SL M // R S R S R S R S M // R S R – R S R S M // R S R – R S R S Phénotypea Genotypeb Notes Groupe clonal Centre de traitement ID du patient ID de la souche Date INH EMB RIF STR INH EMB RIF STR D P M // R S S S S S S Modification phénotypique DR seulement M // S S S S S S S S D P M // S S S – S S S S M S S S S S S S S D P M S S S S S S S S M S S S S S S S D P M // S S S S S S S S M S S S S S S S D P M S S S S S S S S M S S S S S S M P M // R S S S R S S S Evolution génotypique, rpoB SL M // R S R S R S R S M // R S R – R S R S M // R S R – R S R S Abréviation: DR, résistances médicamenteuses, sensibles; R, résistant; -: information manquante Indique la sensibilité aux médicaments de l’isoniazide INH, de l’éthambutol EMB, de la rifampicine RIF et de la streptomycine STRbLa résistance génotypique est déterminée sur la base de Cohen et al setView Large

Les cercles centraux des points indiquent les phénotypes de susceptibilité pour l’isoniazide I, la rifampicine R, l’éthambutol E et la streptomycine S à partir de l’intérieur de la lignée. vers l’extérieur, marqué comme « IRES » Une marque grise « Missing » indique qu’aucun phénotype concluant n’était disponible. Déplacement vers l’extérieur, l’anneau suivant est un identifiant numérique du patient, suivi du code du groupe clonal en rouge et du centre de traitement. Les groupes clonaux D et D contenaient une souche qui manquait d’informations sur les patients et qui étaient exclus d’une analyse plus poussée. Vue en grandDownload slide Groupes clonés superposés sur une phylogénie de toutes les nouvelles souches du sud de l’Inde. Les branches d’arbres sont colorées par lignée, comme dans la figure Les anneaux centraux de points indiquent su phénotypes de sceptibilité pour l’isoniazide I, la rifampicine R, l’éthambutol E et la streptomycine S de l’intérieur vers l’extérieur, marqués comme « IRES » Une marque grise « manquante » indique qu’aucun phénotype concluant n’était disponible En allant vers l’extérieur, l’anneau suivant est un identifiant numérique du patient, Les groupes clonaux sont encadrés en rouge Les centres de traitement PP sont à Tiruvallur, alors que toutes les souches de Madurai proviennent de l’hôpital Gov Rajaji. Les groupes clonaux D et D contenaient une souche qui manquait d’informations sur le patient et qui étaient exclues de la liste. une analyse

L’ordre dans lequel la pharmacorésistance apparaît parmi la tuberculose du sud de l’Inde est similaire à celui des autres régions du monde

Notre collection de souches a été enrichie en isolats résistants aux médicaments, par rapport à l’incidence globale de la tuberculose M résistante aux médicaments en Inde. Les méthodes Les souches résistantes à l’isoniazide étaient les souches les plus courantes; En utilisant une analyse basée sur la parcimonie, voir Méthodes, nous avons déterminé que la résistance à l’isoniazide survenait indépendamment de la phylogénie. Pour les paires isoniazide / rifampicine des arisals de résistance à travers les nœuds de notre phylogénie, nous avons eu un échantillonnage suffisamment dense pour déterminer l’ordre relatif Dans tous les cas, l’isoniazide est apparu en premier Bien qu’il n’y avait qu’un petit nombre de paires de résistances pour lesquelles nous pouvions déterminer l’ordre, l’observation que l’isoniazide est apparu en premier études génomiques publiées d’Afrique du Sud et d’Amérique du Sud

Nouvelles mutations prévisibles de la résistance aux médicaments en Inde

Des études récentes sur le séquençage suggèrent que les mutations connues peuvent expliquer la majorité des résistances phénotypiques mais sont loin d’être exhaustives pour représenter la diversité globale de la tuberculose. Pour évaluer comment les mutations bien connues expliquent la résistance aux médicaments en Inde, nous avons calculé Les listes ont expliqué la résistance phénotypique dans ces isolats. Ces listes incluaient des mutations expliquant la résistance aux médicaments Coll set et ii une liste curative de polymorphismes expliquant la résistance à huit médicaments Set Cohen; Tableau La sensibilité pour prédire la résistance à l’isoniazide parmi les souches du sud de l’Inde était de% pour l’ensemble Coll et% pour l’ensemble Cohen Globalement, ces sensibilités étaient significativement inférieures à celles rapportées d’une analyse d’isolats du Royaume-Uni, Sierra Leone et Afrique du Sud & gt;% mais étaient similaires à une étude antérieure du sud de l’Inde dans laquelle les souches résistantes à l’isoniazide avaient une fréquence plus faible de mutations connues de katG Les sensibilités pour détecter la résistance à la rifampicine, streptomycine et éthambutol%, -% et -%, Walker et al.,% et%, respectivement et Desjardins et al. , indiquent que de nouveaux mécanismes pourraient entraîner une résistance aux médicaments en Inde. Les mutations de gidB précédemment identifiées dans les souches indiennes n’étaient pas incluses dans les deux listes, ni aucune mutation n’était présente dans cet ensemble de souches Notamment, le pourcentage de souches résistantes à la rifampicine Nous avons confirmé que nos résultats se sont étendus à d’autres listes de mutations publiées et que la sensibilité globale n’a été que marginalement améliorée en incluant toute mutation qui aurait un impact sur le développement de la tuberculose multirésistante. protéine résultante dans les gènes associés à la résistance Voir Note supplémentaire et Figure supplémentaire

Tableau Sensibilité et spécificité pour prédire la résistance phénotypique en utilisant les listes de mutations de Coll et al et Cohen et al. Drug Mutation set Vrai Positivesa Faux Négatifs Faux Positifs Vrai Négatifs Ambiguousa Sensibilité Spécificité Isoniazide Coll%% Cohen%% CollCohen%% Rifampicine Coll%% Cohen% % CollCohen%% Streptomycine Coll% Cohen%% CollCohen%% Ethambutol Coll b%% Cohen%% CollCohen%% Drug Mutation définie Vrai Positifsa Faux Négatifs Faux Positifs Vrai Négatifs Ambiguousa Sensibilité Spécificité Isoniazide Coll%% Cohen%% CollCohen%% Rifampicine Coll%% Cohen%% CollCohen%% Streptomycine Coll%% Cohen%% CollCohen%% Ethambutol Coll b% % Cohen%% CollCohen%% aRapport polymorphisme mononucléotidique ambigu, avec des lectures supportant un génotype pharmacosensible et pharmacorésistant Ces positions ont été exclues des calculs de sensibilité et de spécificitébLe grand nombre de faux positifs pour la streptomycine à l’aide de l’ensemble de données Coll est dû à la présence de la mutation embB EA, que d’autres publications suggèrent ne provoque pas de résistance à l’éthambutol Cette mutation a été précédemment rapportée comme marqueur phylogénétique de lignage de la MTBC ancestrale, et cette mutation est bien présente dans la plupart des lignées de cette collectionAnalyse réalisée pour des souches Pour examiner plus avant les cas de résistance inexpliquée, nous avons d’abord recherché des mutations potentielles nouvelles au sein de gènes précédemment impliqués dans la résistance mais non trouvés dans nos listes de mutations Des souches avec résistance à l’isoniazide inexpliquée Tableau; Figure supplémentaire, une codée de la mutation katG NS, précédemment impliquée dans la résistance mais non présente sur l’une ou l’autre liste Trois souches contenaient des mutations dans ou plus de cibles de résistance reconnues, katG AP ou LP, fadE RS ou fabD AT, pas précédemment impliqué dans la résistance mais qui étaient spécifiques aux souches résistantes dans cette étude Tableau; Figure supplémentaire Les souches restantes manquaient de mutations dans les gènes précédemment associés à la résistance à l’isoniazide Tableau; Pour la streptomycine, nous avons identifié des mutations dans gidB et rrs gidB RW et rrs qui peuvent expliquer la résistance de ces souches. Cependant, pour tous les isolats restants présentant des résistances inexpliquées à la rifampicine, à l’éthambutol et à la streptomycine, nous n’avons pu identifier aucune autre mutations conférant la résistance candidat

Tableau Vue d’ensemble de la résistance aux médicaments phénotypiques non expliquée par les mutations dans les listes Coll et al ou Cohen et coll., Ou par des infections mixtes Médicament Identifiant de la soucheb Catégoriea Descriptionc Isoniazide M Non expliquée M Non expliquée M Nouvelle mutation putative fadE RS M Nouvelle mutation putative fabD AT M , M Une explication inexacte M mutation putative katG AP M Mutation putative roman katG LP M Mutation publiée katG NS Rifampicine M inexpliquée M, M inexpliquée H inexpliquée Ethambutol M, M inexpliquée Streptomycine M inexpliquée M inexpliquée M inexpliquée M inexpliquée M Mutation publiée gidB RW H Mutation publiée rrs Médicament Identificateur de soucheb Catégoriea Descriptionc Isoniazide M Non expliquée M Non expliquée M Mutation putative nouvelle fadE RS M Mutation putative nouvelle fabD AT M, M inexpliquée M Mutation putative roman katG AP M Mutation putative roman katG LP M Mutation publiée katG NS Rifampicine M inexpliquée M, M inexpliquée H inexpliquée Ethambutol M, M inexpliquée Streptomycine M inexpliquée M inexpliquée M inexpliquée M inexpliquée M Millet publié gidB RW H Mutation publiée rrs une « mutation putative roman » est définie par un non la mutation synonyme d’un gène précédemment associé à la résistance aux médicaments qui était confinée aux isolats phénotypiquement résistants est définie lorsqu’aucune nouvelle mutation n’a été identifiée dans des gènes précédemment associés à une résistance aux médicaments. La mutation publiée est définie par des mutations non présentes dans le Coll ont été précédemment associées à la résistance aux médicaments. Des entrées multiples dans la colonne «identificateur de souche» correspondent à des souches de même patient avec des mutations de haute identité précédemment publiées, qui ne sont incluses ni dans les ensembles de données Coll et al ou Cohen et al.

La présence d’infections mixtes affecte la capacité de prédire le phénotype basé sur le génotype

Des études récentes suggèrent que les patients atteints de tuberculose peuvent être infectés par plus de M souche tuberculeuse, y compris les souches présentant des profils de résistance différents. Nous avons cherché des preuves d’infections mixtes en comparant d’abord les isolats répétés de patients simples. identifier les preuves d’appels de base conflictuels sur les sites impliqués dans la résistance Seize patients ont été échantillonnés plusieurs fois: les patients ont été échantillonnés à différents moments, et ont été échantillonnés plusieurs fois le même jour, aucun des isolats collectés à partir du même jour, les échantillons du même patient appartenaient à différents groupes clonaux Tableau Supplémentaire, différant seulement par SNP, et indiquant que la variation de la séquence tuberculeuse M du patient dans le même jour était faible, à une exception près, pour les patients échantillonnés longitudinalement. et les derniers isolats ont différé seulement par – SNPs, soutenant également la diversité limitée L’exception patient a été représenté Étant donné les taux de mutation lents et l’absence de recombinaison dans M tuberculosis, ces isolats ont été soit transmis à ce patient au point initial de l’infection ou ont été acquis à des moments différents Bien que nous ayons observé Tableau supplémentaire Cependant, nous n’avons observé aucun changement génotypique associé qui pourrait expliquer ce changement, même lorsque nous avons élargi notre analyse pour inclure tout changement dans les cibles de résistance connues. Parce que les cellules de la tuberculose M sont connues pour se regrouper , rendant difficile l’isolement de génotypes uniques en culture, nous avons émis l’hypothèse que des changements inexpliqués dans le phénotype pourraient être dus à des communautés mixtes de souches génotypiquement distinctes que nous pourrions détecter par séquençage. preuve de l’ambiguïté de tout gène précédemment associé à la résistance aux médicaments Parmi ces isolats, nous avons systématiquement examiné toutes les souches pour des exemples d’infections mixtes qui pourraient aider à expliquer les cas de résistance inexpliquée. Tableau Quinze souches présentaient des variantes ambiguës dans des gènes connus pour être impliqués dans la résistance Tableau supplémentaire, y compris les souches avec des appels ambigus trouvé dans les tableaux Coll et Cohen; Tableau supplémentaire Dans ces cas, nous avons observé des positions ambiguës supplémentaires à & gt; des positions avec des allèles similaires à d’autres sites non associés à la résistance, indiquant des infections mixtes avec des souches non-clonales. Une de ces souches, M, contenait un appel «ambigu» aux sites de résistance connus trouvés dans les ensembles Coll et Cohen. Autres sites dans des gènes connus pour être impliqués dans la résistance A chaque site, l’allèle majeur a été observé -% du temps Tableau supplémentaire Bien que nous ayons détecté des souches ambiguës aux sites dans des gènes de résistance aux médicaments non présents dans les ensembles Cohen et Coll les ambiguïtés pourraient expliquer une résistance supplémentaire pour les isolats dans le tableau Malgré cela, le fait qu’au moins% de nos souches aient des ambiguïtés dans les gènes de résistance aux médicaments, et que les sites ambigus ne soient pas pris en compte. souligne les infections mixtes en tant que facteur de confusion des prédictions génotypiques des phénotypes

DISCUSSION

ocusé sur M tuberculosis du sud de l’Inde, élargit le catalogue de la diversité génétique du complexe M tuberculosis, contribuant notamment à notre compréhension de la lignée et des souches prédominantes en Inde, région pour laquelle les analyses de M tuberculosis basées sur le séquençage du génome entier ont été limitées. En outre, notre étude fournit des informations sur les modes de transmission de la tuberculose dans le sud de l’Inde, comment ces souches développent la pharmacorésistance et fournit une ressource communautaire pour l’exploration de la diversité M tuberculosis mondiale, y compris les caractéristiques uniques des lignées. Conformément aux études antérieures en Inde, cela pourrait indiquer un besoin de se concentrer sur la prévention de la transmission nosocomiale Cependant, nous manquions de métadonnées suffisantes pour déterminer si la transmission est survenue dans un délai de deux ans. milieu hospitalier ou communautaire Bien que nos souches ont été enrichis pour des isolats résistants comparés à l’incidence globale en Inde , y compris MDR-TB, nous avons seulement pu désambiguïser l’ordre relatif d’acquisition de résistance pour un petit nombre de paires. D’autres études seront nécessaires pour confirmer nos résultats, ils étaient compatibles avec les travaux antérieurs montrant que la résistance à l’isoniazide apparaît en premier et sert de précurseur de la TB-MR dans d’autres régions du monde Une fraction substantielle de la résistance phénotypique de notre échantillon pourrait être expliquée par des mécanismes connus. lignées Cependant, nous avons observé que les listes de mutations connues ont moins bien réussi à prédire la résistance phénotypique aux souches indiennes que dans d’autres régions Nous ne pourrions pas être surpris de ne pas pouvoir expliquer la cause de résistance pour un quart des souches étant donné que les catalogues actuels de mutations pharmacorésistantes reposent principalement sur des données provenant d’autres lignées. Bien qu’ayant été enrichies pour la résistance aux t ne contenait qu’un petit nombre d’isolats résistants – en particulier pour l’éthambutol, la rifampicine et la streptomycine – susceptibles d’affecter la fiabilité de nos calculs de sensibilité et de spécificité pour des collections plus importantes et rendait difficile l’identification de nouveaux mécanismes en dehors des cibles connues. Nous avons identifié des mutations – katG AP, katG LP, fadE RS et fabD AT – qui devraient être priorisées expérimentalement pour évaluer leur rôle dans la résistance. Elles s’ajoutent à la liste des mutations précédemment identifiées comme spéciales aux souches indiennes. Nous n’avons pas trouvé de mutations de résistance spéciale identifiées auparavant parmi les isolats de cette collection, ce qui pourrait s’expliquer par le fait que notre étude était petite par rapport au nombre total de cas résistants en Inde, et qu’elle était également limitée géographiquement. l’examen des appels de base ambigus a révélé que certains patients Cependant, même après avoir pris en compte la possibilité d’infections mixtes à des positions supplémentaires dans des gènes impliqués dans la résistance aux médicaments, il existait encore des souches présentant une résistance inexpliquée des patients hébergeant ces souches. , défaut de traitement, qui aurait pu contribuer au développement d’une résistance, et quatre ont été classés comme «échec thérapeutique». D’autres études sont nécessaires pour examiner si ces écarts sont dus à de nouveaux mécanismes de résistance, l’existence de communautés mixtes indétectables à notre approche, erreur de phénotypage, ou d’autres mécanismes intrinsèques de résistance, tels que la perméabilité de la paroi cellulaire et les pompes d’efflux, qui peuvent varier entre les souches dues à des facteurs tels que l’expression variable des gènes Ultimement, l’identification avec le taux plus élevé de résistance inexpliquée, highl Par exemple, GeneXpert MTB / RIF , le diagnostic de première ligne utilisé dans le monde entier, repose sur la résistance à la rifampicine. des mutations pour détecter la pharmacorésistance , alors que dans notre étude, nous avons observé des cas de résistance à la rifampicine de cause inconnue. En outre, d’autres diagnostics disponibles dans le commerce, tels que Hain MTBDRplus http: // wwwhain- lifesciencede / fr / products / microbiology / mycobacteria / tuberculose / génotype-mtbdrplushtml, et Hain MTBDRsl http: // wwwhain-lifesciencede / en / produits / microbiologie / mycobactérie / tuberculose / génotype-mtbdrslhtml n’auraient pas non plus détecté de résistance pour les souches dans le tableau plus grandes études de séquençage du génome entier des souches de l’Inde sont nécessaires pour établir des modèles de lignées et des mutations spécifiques et pour déterminer l’utilité de développer de nouveaux diagnostics spécifiques aux souches circ en Inde

Données supplémentaires

Les documents supplémentaires sont disponibles sur Clinical Infectious Diseases en ligne. Les données fournies par les auteurs étant destinées au lecteur, les documents publiés ne sont pas copiés et relèvent de la seule responsabilité des auteurs. Les questions ou les commentaires doivent donc être adressés à l’auteur correspondant.

Remarques

Remerciements Les échantillons ont été recueillis à partir du projet Model DOTS financé en partie par une subvention de l’Agence américaine pour le développement international fournie par l’Organisation mondiale de la Santé. Nous remercions D Srinivasaraju pour son aide technique en matière d’empreintes génétiques. Recherche clinique, épidémiologie, immunologie et bactériologie; Dr PG Gopi et MR Subramani et leur personnel pour la gestion des données Nous remercions les Docteurs C Kolappan et K Sadacharam pour la coordination des activités de terrain. Nous remercions également le Dr Keira Cohen pour ses commentaires utiles et la lecture du manuscritDisclaimer Le contenu de cette publication relève Les auteurs et ne représentent pas nécessairement les opinions officielles des National Institutes of Health. Ce projet a également été financé par le fonds du directeur de l’Université de Boston Laboratoires nationaux des maladies infectieuses émergentes JEG Ce projet a été financé en partie par des fonds fédéraux de l’Institut national des allergies. NIAID, National Institutes of Health, ministère de la Santé et des Services sociaux [Contrat n °: HHSNC, pas d’AUI au Broad Institute] Cette recherche a utilisé des ressources d’infrastructure du Broad Institute, de l’Université de technologie de Delft, d’Internet et de SURFnet le réseau néerlandais de recherche et d’éducation, soutenu Le protocole d’étude a été approuvé par le Massachusetts Institute of Technology Comité sur l’utilisation des êtres humains comme sujets expérimentaux Protocole # et le Comité d’éthique institutionnelle du protocole NIRT # Toutes les lignes directrices ont été suivies dans la conduite de recherchePotential conflits d’intérêts Tous les auteurs ne certifient aucun conflit d’intérêts potentiel Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués